Ilmu pengetahuan memberikan dilema bagi siapapun yang memilikinya dalam hal pengambilan keputusan atas langkah yang akan dilakukan.
Peristiwa bom Hirosima Nagazaki pada tahun 1945 dan sejarah kelam perang dunia ke-2, memberikan gambaran bahwa perkembangan ilmu pengetahuan tidak hanya memberikan manfaat bagi peradaban manusia, namun dapat menjadi senjata yang dapat membinasakan manusia, untuk itu kebermanfaatan ilmu pengetahuan bagi manusia dikembalikan kepada keputusan ilmuan itu sendiri,
Dilema moral ini meyebabkan terpecahnya dua golongan ilmuan yang saling berbeda pandangan terkait sikap dan keputusan yang akan diambil terhadap ilmu pengetahuan. Golongan pertama menginginkan bahwa ilmu harus bersifat netral terhadap nilai-nilai (ilmu yang bebas nilai).
Dalam hal ini tugas ilmuan adalah menemukan pengetahuan dan terserah kepada orang lain untuk mempergunakannya: apakah pengetahuan itu akan dipergunakan untuk tujuan yang baik atau yang buruk.
Sebaliknya, golongan kedua berpendapat bahwa pengembangan ilmu tidak seratus persen bebas nilai tetapi harus berlandaskan pada asas-asas moral dalam penggunaannya dan bahkan dalam pemilihan obyek penelitiannya.
Golongan kedua ini mendasarkan pendapatnya pada beberapa hal, yaitu (1) ilmu secara faktual telah dipergunakan secara destruktif oleh manusia, (2) ilmu telah berkembang sedemikian pesat dan para ilmuwan lebih mengetahui dampak negatif yang akan terjadi bila ada penyalahgunaan, (3) perkembangan ilmu yang pesat tersebut dapat merendahkan martabat manusia karena menjadikan manusia itu sendiri sebagai obyek penelitian.
Sangat banyak dilema moral dalam ilmu pengetahuan yang terjadi tanpa disadari oleh manusia, misalnya seseorang ilmuan geografi yang mengetahui bahwa di suatu wilayah terdapat potensi sumberdaya alam yang sangat dibutuhkan bagi suatu wilayah, namun keberadaan sumberdaya alam tersebut tepat berada di area permukiman dan pertanian penduduk.
Bagi ilmuan tersebut hal ini merupakan sebuah penemuan yang dapat mendatangkan keuntungan, akan tetapi disisi lain ada pihak-pihak yang pasti merasa dirugikan atas penemuan tersebut, dalam kasus ini ilmuan tersebut harus memutuskan langkah apa yang seharusnya diambil atas penemuannya tersebut agar tidak merugikan pihak-pihak tertentu.
Penentuan keputusan inilah yang menjadi dilema bagi seorang ilmuan, karena pengambilan keputusan yang tidak tepat dapat memberikan impact yang negatif bagi keberlangsungan hidup manusia dan lingkungannya.
Contoh lain dalam dunia Pendidikan Geografi adalah dilema seorang guru dalam pemberian prilaku kepada siswanya. Seperti pada kasus seorang guru geografi yang mengajarkan tentang konsep bencana alam pada tingkat SMA.
Dalam perencanaannya seorang guru memiliki model dan metode khusus yang telah dirancang agar sesuai dengan kajian materi yang akan disampaikan, namum pada prakteknya terdapat seorang siswa yang memiliki kesulitan belajar, sehingga siswa tersebut tidak mampu untuk memahami materi secara maksimal.
Menyikapi hal tersebut guru geografi berencana untuk melakukan bimbingan secara personal kepada siswa yang mengalami kesulitan belajar tersebut, namun disisi lain, bimbingan personal ini dapat memberikan persepsi yang berbeda bagi siswa lainnya, seperti muncul anggapan adanya perlakukan khusus terhadap satu siswa dan diskriminasi terhadap siswa lainnya.
Persepsi yang demikian memberikan dilema tersendiri bagi guru dalam menentukan tindakan apa yang harusnya dilakukan, agar semua siswa merasa diperlakukan secara adil dalam kegiatan pembelajaran.
Kasus lain yang dapat dijadikan sebagai contoh adalah seorang guru geografi yang memiliki seorang siswa berdasarkan kalkulasi nilai pada mata pelajaran geografi seharusnya tidak memenuhi standar untuk lulus pada mata pelajaran tersebut, namun pihak sekolah tetap meminta agar siswa tersebut diberi kelulusan, dengan pertimbangan bahwa siswa tersebut merupakan anak seorang pejabat yang sering memberi donasi kepada pihak sekolah. Jika pihak sekolah tidak meluluskan siswa tersebut, maka sekolah akan kehilangan salah satu donator terbesarnya.
Melihat adanya perlakuan yang spesial terhadap satu siswa saja, sebagai seorang guru yang menjunung tinggi etika dalam dunia pendidikan kasus ini merupakan sesuatu yang salah, namun jika tetap berpegang teguh pada prinsipnya, resiko yang dihadapi guru tersebut juga besar, kehilangan donatur, rusaknya reputasi sekolah, hingga ancaman mutasi telah menanti guru tersebut. Hal ini menjadi dilema moral bagi guru dalam menentukan tindakan apa yang seharusnya diambil, berdasarkan kasus tersebut.